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拍照與分析
一、目前切片分析使用的分析軟件：
① Image-Pro Plus 6.0（Media Cybemetics,INC.,Rockville,MD,USA），分析格式：顯微鏡拍攝或者掃描文件上截取的單張圖片（jpg格式）。
② 3D Histech Quant Center2.1 (3D Histech, Hungary)，分析格式：3D Histech 掃描儀掃描的文件。
③ Halo2.32（Indica labs，USA），分析格式：不同廠家的掃描文件3D Histech(MRXS)；萊卡(SCN, LIF)；蔡司(CZI)；奧林巴斯(VSI)；Aperio(SVS,AFI)；Ventana(BIF)；Hamamatsu(NDPI, NDPIS)）；共聚焦nd2格式圖片；明場tiff，jpg格式照片；PE（Perkin Elmer）公司的熒光多色可拆分Tiff格式照片。
二、分析內(nèi)容（如有除以下外其它分析要求可直接咨詢）
1、組化/熒光分析【價格：組化/熒光普通切片20元/項/指標(biāo)/切片（掃描是分析整張切片或一個特定區(qū)域，拍照是分析每張切片中3張照片）；芯片組化掃描結(jié)果分析200元/項/芯片（對每個點獨立分析，總點數(shù)小于200個點）；芯片熒光掃描結(jié)果分析500元/項/指標(biāo)/芯片（對每個點獨立分析，總點數(shù)小于200個點）；芯片分析中如果要對每個點中特定區(qū)域單獨分析，需提前說明，根據(jù)要求會加做組織分型或者人為圈定等工作，根據(jù)實際難易程度收取相關(guān)費用】
□面密度, IOD/待測區(qū)域組織面積（IPP）:同時測量陽性的IOD累積光密度值和待測量區(qū)域組織面積。
反應(yīng)陽性多少和深淺，數(shù)值越大陽性越強(qiáng)。一般只在圖片視野的分析中采用此項，全片掃描分析不采用。優(yōu)點既考慮了陽性的面積以及陽性的深淺，以及視野中待測組織不充滿整個視野的也不受到影響。
□陽性率，陽性細(xì)胞數(shù)/總細(xì)胞數(shù)（IPP/HALO）：分析陽性細(xì)胞數(shù)占總細(xì)胞數(shù)的比率，反應(yīng)陽性細(xì)胞數(shù)量比率。分析軟件無法區(qū)分不同細(xì)胞類型，計算的是視野中或者掃描全片中所有的陽性細(xì)胞和總細(xì)胞數(shù)量以及占比。所以此項適用于細(xì)胞類型較單一的情況。比如腫瘤組織中Tunel分析凋亡的腫瘤細(xì)胞比率，脾臟組織內(nèi)CD3陽性T細(xì)胞比率。
□陽性細(xì)胞密度，陽性細(xì)胞數(shù)/待測區(qū)域組織面積（IPP/HALO）：分析陽性細(xì)胞數(shù)以及待測區(qū)域組織面積之比，反應(yīng)單位面積內(nèi)陽性細(xì)胞個數(shù)。比如肝組織中某類炎性細(xì)胞占比，代表性指標(biāo)CD3、CD68等。此項適用于復(fù)雜細(xì)胞類型的時候，比較陽性細(xì)胞多少，常用于浸潤型的炎癥細(xì)胞中。
□陽性強(qiáng)度，各陽性點顏色深淺的平均值（HALO）：反應(yīng)整張片子或者某個區(qū)域陽性的平均深淺度。明場為平均光密度（average optical density），熒光為平均強(qiáng)度（average intensity），數(shù)值越大陽性越強(qiáng)。適用性廣，由于沒有考慮陽性面積，在極端情況下，陽性點極少顏色都深時數(shù)據(jù)較大，陽性點極多但顏色淺時數(shù)據(jù)較小。可以結(jié)合陽性面積一起評價。
□陽性面積比，陽性面積/待測區(qū)域組織面積（IPP/HALO）：應(yīng)用較少，不考慮陽性深染帶來的影響，單純的比較陽性面積占比。
□MVD，微血管數(shù)量/視野（IPP）：CD31、CD34微血管密度分析，測量單位面積內(nèi)微血管數(shù)量。此項只在圖片視野的分析中采用此項，全片掃描分析不采用。
□0-12評分：實驗員在顯微鏡下或者掃描文件對免疫組化切片中的染色程度（0-3分）以及陽性率（0-4分）分別評分后相乘得到綜合評分（0-12分）。具體如下，染色強(qiáng)度以目的細(xì)胞呈現(xiàn)染色特性計分：無著色為0分，淡黃色為1分，棕黃色為2分，棕褐色為3分，如下圖所示。以細(xì)胞陽性比率進(jìn)行評分：0～5%為0分，6%～25%為1分，26%～50%為2分，51%～75%為3分，>75%為4分。綜合評分可用于劃分陽性高低，便于統(tǒng)計，常用于癌和癌旁的生存分析中。
□H-Score，0-300分（3D）：使用3D掃描儀配套的分析軟件Quant center對陽性深淺和多少進(jìn)行打分，只能對DAB顯色的棕黃色定量，數(shù)值越大陽性越強(qiáng)。H-SCORE=∑（PI×I）=（percentage of cells of weak intensity ×1)+(percentage of cells of moderate intensity ×2)+percentage of cells of strong intensity ×3),式中pi表示陽性細(xì)胞數(shù)量占切片中所有細(xì)胞數(shù)量的百分?jǐn)?shù)；i代表著色強(qiáng)度。適用性廣，掃描切片或芯片均可。
□熒光多標(biāo)共定位分析（HALO）：測量整張片子或者指定區(qū)域多種指標(biāo)單獨通道的數(shù)據(jù)以及共定位的細(xì)胞數(shù)量以及比率（或者共定位面積以及比率，選其一）。
不同細(xì)胞空間距離分析（HALO）：主要用來研究腫瘤微環(huán)境，炎性細(xì)胞和腫瘤細(xì)胞之間的距離關(guān)系等。
□分析一種顏色標(biāo)記的細(xì)胞周圍多少微米范圍之內(nèi)另外一種顏色標(biāo)記的細(xì)胞數(shù)量；
□測量不同顏色標(biāo)記細(xì)胞之間的距離；
□以某處為界（如腫瘤壞死區(qū)邊界，或者CD31標(biāo)記的陽性血管）分析多少微米范圍之內(nèi)不同顏色標(biāo)記的細(xì)胞數(shù)量（腫瘤CD3,CD4,CD8炎性細(xì)胞浸潤分析較多）
2、病理分析 【價格：40元/切片（一張切片上一種組織為一個樣）】
顯微鏡下觀察切片或電腦瀏覽掃描文件，對該切片常見的病理改變?nèi)缪装Y、壞死、變性、增生以及纖維化等情況文字描述，并反映出片子之間的差異。報告大致分為四種類型。
□病理描述：每張切片提供相應(yīng)典型視野圖片，描述病理變化，并在word文檔中用不同顏色箭頭標(biāo)注不同典型病變特征。適用于分組較少，每組片子數(shù)量較少的客戶，不需要評分或者無評分標(biāo)準(zhǔn)的客戶。
□病理評分：每張切片進(jìn)行不同病變方面病理評分（評分標(biāo)準(zhǔn)需提前提供，某些評分會需要提供相應(yīng)特殊染色切片），按分組提供相應(yīng)典型視野圖片，描述該組主要病理變化，在word文檔中用不同顏色箭頭標(biāo)注不同典型病變特征。適用于分組較多，每組片子較多的客戶。
□病理診斷：需要填寫送樣單，并提供實驗的相關(guān)信息，大體圖片等相關(guān)信息。給出具體判斷結(jié)果。適用于動物腫瘤定性，家禽疾病等。
□病理檢查報告：需要填寫送樣單，并提供分析方案以及實驗的相關(guān)信息，大體圖片，整體費用增加30%。簽正式合同，保密協(xié)議等，從取材包埋開始均由本公司完成，結(jié)果出具正式報告，代表性圖，統(tǒng)計結(jié)果，結(jié)論，原始結(jié)果等，并由獸醫(yī)病理學(xué)博士、動物病理學(xué)家簽字，附帶資質(zhì)證明。主要適用毒性安全評價或者CRO項目等。
3、形態(tài)測量分析【價格：每一小項單價20元/樣（根據(jù)不同內(nèi)容提供3-5個數(shù)據(jù)）；同時測量幾個參數(shù)時，第一項20元/樣，其他項10元/樣】
HE染色中測量各類結(jié)構(gòu)長、寬、面積、數(shù)量以及密度等常規(guī)數(shù)據(jù)。
腸：□小腸絨毛高度；□小腸絨毛寬度；□小腸隱窩深度；□單位面積內(nèi)隱窩數(shù)量；□大腸腸腺深度；□腸粘膜層厚度；□腸肌層厚度；□腸壁總厚度；
肺：□肺小動脈血管管腔面積；□肺小動脈血管直徑；□肺小動脈血管壁厚平均厚度；□單位視野內(nèi)肺泡數(shù)NA；□單位視野內(nèi)肺實質(zhì)面積PA；□單位視野內(nèi)肺泡間隔數(shù)NS；□支氣管基底周徑Pbm；□支氣管腔面積；□支氣管總管壁面積WAt；□支氣管內(nèi)壁面積WAi；□支氣管平滑肌面積WAm。
卵巢：□卵巢面積；□初級卵泡數(shù)量；□次級卵泡數(shù)量；□竇狀卵泡數(shù)量；□成熟卵泡數(shù)量；□黃體數(shù)量；□白體數(shù)量。該分析為掃描后整個卵巢切片計數(shù)。
皮膚：□單位面積內(nèi)毛囊數(shù)量；□表皮厚度；□真皮厚度；□損傷深度；□損傷寬度。
血管：□血管面積；□血管直徑；□管腔面積；□管腔直徑；□內(nèi)膜增生面積；□中膜厚度；□斑塊面積。
腦：□海馬單位面積錐體細(xì)胞數(shù)量；□腦室面積。
睪丸：□生精小管長短徑；□生精小管周長；□生精小管面積；□單位視野間質(zhì)細(xì)胞數(shù)量。
心：□橫切心肌細(xì)胞面積；□橫切心肌細(xì)胞直徑；□橫切心肌細(xì)胞密度；□心室壁厚度；□心腔面積。
腎：□腎小球面積；□腎小球內(nèi)細(xì)胞數(shù)量。
肌肉：□橫切肌纖維平均面積；□橫切肌纖維直徑；□橫切肌纖維密度。
脂肪：□脂肪細(xì)胞平均面積；□脂肪細(xì)胞直徑；□單位面積內(nèi)脂肪細(xì)胞數(shù)量。
特殊染色中主要分析陽性面積以及占比或視野內(nèi)陽性細(xì)胞個數(shù)
Masson：□膠原纖維面積/待測區(qū)域組織面積（HALO/IPP）；□膠原纖維IOD值（IPP）。
Sirius red：□膠原纖維面積/待測區(qū)域組織面積（HALO/IPP）；□偏振光下I型與III型膠原面積比率（IPP）。
油紅O：□脂滴面積/待測區(qū)域組織面積（HALO/IPP）。
甲苯胺藍(lán)（IPP）：□單位視野內(nèi)肥大細(xì)胞密度；□半薄切片髓鞘直徑；□半薄切片髓鞘厚度。
Trap（IPP）：□單位骨小梁長度上破骨細(xì)胞數(shù)量。
PAS（IPP）：□單位絨毛長度上杯狀細(xì)胞數(shù)量；□腎小球基質(zhì)PAS陽性面積/腎小球面積。
ATP（IPP）：□單位面積內(nèi)Ⅰ型和Ⅱ型肌纖維數(shù)量。
高爾基（IPP）：□樹突與同心圓交點數(shù)，單位長度上樹突棘密度（1000倍）【拍照：60元/3個視野包含200×和1000×圖片；分析：60元/3個視野】。
TTC（IPP）：□梗死區(qū)陽性面積/待測區(qū)域組織面積
主動脈大體油紅（IPP）：□脂肪斑塊陽性面積/血管組織面積。
Goldner（IPP）骨質(zhì)疏松相關(guān)：□總組織面積T.Ar；□骨小梁面積Tb.Ar；□骨小梁周長Tb.Pm；□骨小梁面積百分比Tb.Ar；□骨小梁厚度Tb.Th；□骨小梁數(shù)目Tb.N；□骨小梁分離度Tb.Sp。
番紅固綠（IPP）：
植物根：□根面積；□根直徑；□外皮層厚度；□皮層細(xì)胞厚度；□內(nèi)皮層細(xì)胞厚度；□中柱面積；□單位面積內(nèi)導(dǎo)管數(shù)量；□中柱內(nèi)木質(zhì)部面積占比。
植物葉：□葉片厚度；□葉肉厚度；□角質(zhì)層厚度；□上表皮細(xì)胞厚度；□下表皮細(xì)胞厚度；□柵欄組織厚度；□海綿組織厚度；□泡狀細(xì)胞數(shù)量；□單位長度內(nèi)葉脈數(shù)量；□中脈中心厚度。
植物果實：□角質(zhì)層厚度；□表皮厚度；□亞表皮厚度；□表皮細(xì)胞平均面積；□亞表皮細(xì)胞平均面積；□表皮細(xì)胞長寬；□亞表皮細(xì)胞長寬；□果肉細(xì)胞平均面積。
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